일본학연구소는 2002년 설립 이래 한일관계를 중심으로 각종 학술회의를 개최하고 있다. 특히 2005년과 2008년에 한일 양국 정부가 공개한 '한일회담관련 외교문서'를 연구하기 시작하면서, 본 연구소는 한일회담과 관련된 주제를 중심으로 근현대 한일관계에 관한 국제학술대회를 주관하고 있다.

본 연구소가 가장 주력하는 주제는 외교문서를 통해 한일관계를 재조명하는 것인데, 이 성과가 해외에도 알려져 2005년 8월부터는 일본의 연구자 단체와 공동연구를 수행하였다. 이 단체는 문부과학성 산하 <과학연구비 기반조성 사업 분야>사업을 수행 중인 연구자 그룹으로 도쿄대학의 기미야 다다시(木宮正史) 교수를 비롯하여 일본 각 대학의 연구자들로 구성되어 있다. 본 연구소는 2007년과 2008년에 이들과의 공동연구 결과를 공동세미나 형식으로 발표했고, 2008년 11월에는 서울에서 4개국의 전문가가 참가하는 국제학술회의를 개최하기도 했다.

2009년에 접어들면서 본 연구소는 1960년대 이후 한일관계를 재조명하는 연구 업적을 쌓았고, 그 결과 2009년에는 '21세기 글로벌 질서의 재편과 한일협력의 새로운 과제'란 주제로, 2010년에는 '박정희 시대의 한일관계 재조명’을 내용으로 한 국제학술대회를 열었으며, 2011년에는 '한국의 일본연구·일본의 한국연구 현황과 새로운 모색'을 통해 한일 양국의 연구자들로 구성된 국제학술대회를 가졌다.

한편, 한일국교정상화 50주년을 맞이한 2015년에는 ‘2015 한일국교정상화 50주년 국제학술행사 – 한일관계의 과거를 넘어 미래로’라는 국제학술회의를 개최하였다. 한일국교정상화 50주년의 의미를 돌이켜보면서, 한일 양국의 새로운 미래 비전을 찾아내는 것을 목표로 하여 2015년 6월 17일부터 6월 19일까지 제주도에서 개최되었다. 본 연구소는 국내 일본학 관련 연구소로서는 유일하게 공동주최자로서 이 국제학술회의에 참가하였을 뿐만이 아니라 본 연구소의 연구원들 또한 진행자, 발표자, 토론자로써 참가하였다.

‘2015 한일 국교정상화 50주년 국제학술행사 – 한일관계의 과거를 넘어 미래로’는 한일 국교정상화 50주년의 의미를 돌이켜보면서, 한일 양국의 새로운 미래 비전을 찾아내는 것을 목표로 2015년 6월 17일부터 6월 19일까지 제주도에서 개최되었다.

외교통상부와 일본의 외무성이 후원을 하였으며, 한국 측에서는 본 연구소와 동북아역사재단, 한국국제정치학회, 현대일본학회가, 일본 측에서는 일한문화교류기금, 도쿄대 한국학연구부문, 일본국제정치학회, 현대한국조선학회 등 한일관계와 관련한 국내외 저명한 연구기관과 학회가 공동주최하였다. 이 행사는 한일관계와 관련된 국내외의 전문가들이 참가한 대규모 국제학술회의였다. 행사 기간 동안 정치, 경제, 사회, 문화, 역사 등 다방면에 걸친 한일 양국의 과거, 현재를 검토하고 앞으로의 우호적인 한일관계를 위한 건설적인 논의를 나눈 자리였다.

본 연구소는 연구소 내 국제학술회의 사무국을 설치하고, 국내 일본학 관련 연구소로서는 유일하게 공동주최자로 이 국제학술회의에 참가하였으며 연구소 연구원들은 진행자, 발표자, 토론자로 참가하였다. 연구보조원으로서 활동하고 있는 대학원생들도 회의 진행 스태프로 참가하며 행사 운영에 크게 기여하였다.